Ulaştırma ve Altyapı Bakanlığı, Marmaray için alınan tren setlerinin hizmete alınmaması ya da ray makas sistemine uygun olmadığı için kullanılmaması gibi bir durumun söz konusu olmadığını açıkladı. Ulaştırma ve Altyapı Bakanlığı, bir gazetede çıkan ve İYİ Parti Milletvekili Lütfi Türkkan’ın soru önergesi üzerine, "Marmaray’da kullanılmak üzere alınan tren setlerinin kullanılmayarak kaderine terk edildiği" yönündeki iddiaların üzerine aşağıdaki açıklama yayımladı. Ulaştırma ve Altyapı Bakanlığından yapılan açıklamada, "Marmaray’a işletilmek üzere, gelecekteki hedef yolcu sayıları ve yedek araç gereksinimi hesapları da göz önüne alınarak Bakanlığımıza bağlı Altyapı Yatırımları Genel Müdürlüğü (AYGM) tarafından toplam 400 araçlık 54 adet tren seti temin edilmiştir. Söz konusu setlerden 20 adet 5 vagonlu tren seti projenin 13.6 kilometrelik Kazlıçeşme-Ayrılık Çeşmesi kesiminin 29 Ekim 2013 tarihinde işletmeye açılması ile birlikte günde 333 sefer yapmaya başlamıştır. 24 adet 10 vagonlu ve 19 adet 5 vagonlu tren seti ise 12 Mart 2019 tarihinde Gebze-Halkalı arasında 77 kilometrelik hattın tamamının işletmeye açılmasıyla birlikte günde 286 sefer yaparak her gün ortalama 350 - 400 bin yolcu taşınmaya başlamıştır. Anlaşılacağı üzere Marmaray için temin edilen toplam 54 adet setin 43 adedi her gün hizmet vermektedir ve geriye kalan toplam 9 setin bir kısmı yedek olarak kullanılmakta, bir kısmının ise yolcu sayısındaki artışa göre peyderpey işletmeye alınmayı beklemektedir. Halihazırda raylara indirilmemiş 2 adet set bulunmaktadır. Onların da testleri devam etmekte olup, testlerinin tamamlanmasının ardından hizmete alınacaktır. Dolayısıyla haberde yer aldığı gibi Marmaray için alınan tren setlerinin hizmete alınmaması ya da ray makas sistemine uygun olmadığı için kullanılmaması gibi bir durum söz konusu değildir. 478 milyon Euro israf edilmiş iddiaları asılsızdır. Söz konusu setler Gebze-Halkalı arasında her gün ortalama 350 bin İstanbulluya hizmet vermektedir. Ulaştırma ve Altyapı Bakanı Mehmet Cahit Turhan imzası ile cevap verilen soru önergesinde de bu şekilde izah edilmiş olmasına rağmen sanki bu setler depolarda çürümeye terk edilmiş gibi bir algı oluşturulmak istenmiştir" ifadeleri kullanıldı.